Revisiting the taxonomy of Phanerochaete (Polyporales, Basidiomycota) using a four gene dataset and extensive ITS sampling.
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Auteurs : Dimitrios Floudas [Suède] ; David S. Hibbett [États-Unis]Source :
- Fungal biology [ 1878-6146 ] ; 2015.
Descripteurs français
- KwdFr :
- ADN fongique (composition chimique), ADN fongique (génétique), ADN ribosomique (composition chimique), ADN ribosomique (génétique), ARN ribosomique (génétique), Analyse de regroupements (MeSH), Analyse de séquence d'ADN (MeSH), Données de séquences moléculaires (MeSH), Espaceur de l'ADN ribosomique (composition chimique), Espaceur de l'ADN ribosomique (génétique), Phanerochaete (classification), Phanerochaete (génétique), Phylogenèse (MeSH), RNA polymerase II (génétique).
- MESH :
- composition chimique : ADN fongique, ADN ribosomique, Espaceur de l'ADN ribosomique, Phanerochaete.
- génétique : ADN fongique, ADN ribosomique, ARN ribosomique, Espaceur de l'ADN ribosomique, Phanerochaete, RNA polymerase II.
- Analyse de regroupements, Analyse de séquence d'ADN, Données de séquences moléculaires, Phylogenèse.
English descriptors
- KwdEn :
- Cluster Analysis (MeSH), DNA, Fungal (chemistry), DNA, Fungal (genetics), DNA, Ribosomal (chemistry), DNA, Ribosomal (genetics), DNA, Ribosomal Spacer (chemistry), DNA, Ribosomal Spacer (genetics), Molecular Sequence Data (MeSH), Phanerochaete (classification), Phanerochaete (genetics), Phylogeny (MeSH), RNA Polymerase II (genetics), RNA, Ribosomal (genetics), Sequence Analysis, DNA (MeSH).
- MESH :
- chemical , chemistry : DNA, Fungal, DNA, Ribosomal, DNA, Ribosomal Spacer.
- chemical , genetics : DNA, Fungal, DNA, Ribosomal, DNA, Ribosomal Spacer, RNA Polymerase II, RNA, Ribosomal.
- classification : Phanerochaete.
- genetics : Phanerochaete.
- Cluster Analysis, Molecular Sequence Data, Phylogeny, Sequence Analysis, DNA.
Abstract
We amplified RPB1, RPB2, and the ITS and LSU ribosomal genes from species mostly in the phlebioid clade, focusing heavily in phanerochaetoid taxa. We performed Maximum Likelihood and Bayesian analyses for different combinations of datasets. Our results provide a strongly supported phylogenetic picture of the phlebioid clade, representing 89 species in the four genes analyses, of which 49 represent phanerochaetoid taxa. Phanerochaete sensu lato is polyphyletic and distributed across nine lineages in the phlebioid clade. Six of these lineages are associated to already described genera, while we describe the new genus Phaeophlebiopsis to accommodate Phlebiopsis-like species in one of the remaining lineages. We also propose three taxonomic transfers and describe nine new species, with four of those species currently placed in Phanerochaete sanguinea or Phanerochaete velutina. Finally, the placement of Leptoporus mollis along with other potential brown-rot species in the phlebioid clade suggests that, in addition to the Antrodia clade, brown-rot fungi may have evolved more than once in Polyporales.
DOI: 10.1016/j.funbio.2015.04.003
PubMed: 26228559
Affiliations:
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We performed Maximum Likelihood and Bayesian analyses for different combinations of datasets. Our results provide a strongly supported phylogenetic picture of the phlebioid clade, representing 89 species in the four genes analyses, of which 49 represent phanerochaetoid taxa. Phanerochaete sensu lato is polyphyletic and distributed across nine lineages in the phlebioid clade. Six of these lineages are associated to already described genera, while we describe the new genus Phaeophlebiopsis to accommodate Phlebiopsis-like species in one of the remaining lineages. We also propose three taxonomic transfers and describe nine new species, with four of those species currently placed in Phanerochaete sanguinea or Phanerochaete velutina. 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